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图源：海

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在侵蚀心脏的《种》影响下，沉睡好一段时间的希耶丝塔总算清醒之后过了一年。这段期间也由于不再发生任何重大的《世界危机》，让君冢君彦沉浸在和平的日常生活之中。平日与夏凪渚到同一所大学上课，假日在希耶丝塔创立的侦探事务所担任助手。对于这样平凡的每一天感到舒适的君冢，有一天忽然受邀出席《联邦政府》主办的一场名为《圣还之仪》的典礼。

这场典礼的主旨是为了庆祝世界恢复和平，并且慰劳长年来为此尽心竭力的《调律者》们。君冢伴随夏凪与希耶丝塔一同出席典礼，却不料在仪式途中出现了自称《未踏圣境（Another Eden）》使者的恐怖分子，对《联邦政府》发动叛乱。

叛乱行动的幕后黑手竟是《情报屋》布鲁诺·贝尔蒙多，而其目的是揭发据说隐藏于这个世界的重大秘密──《虚空历录（Akashic records）》的真面目。虽然暴动本身在希耶丝塔一行人大显身手下未遂而终，但是布鲁诺却在不久后预言将有灾祸到来并与世长辞了。

这个世界现在变得很奇怪。由于布鲁诺发动的叛乱，以及认知到世界各地正在被尤克特拉希尔侵略的事实，君冢一行人总算确信自己的记忆以及世界的纪录遭到了窜改。后来在布鲁诺的孙女诺艾尔·德·禄普怀兹带来一个名为《圣遗具》的祭具让君冢看见过去做为开端，君冢一行人决定踏上找回世界的纪录的旅途。

在这过程中所接触到的，是关于《魔法少女》莉洛蒂德、《吸血鬼》史卡雷特、《暗杀者》加濑风靡等人过去的故事。大家都为了某种目的而战，然后丧失了什么东西。君冢不时将这些故事与自己的处境做联想，并逐渐找回了《特异点》、《虚空历录（Akashic records）》、《怪盗》等等与世界的秘密相关的记忆。

其中最为重大的，是这个世界其实受到一种名为《系统》的程式所管理的事实。所谓的《世界之敌》或《世界危机》实际上是类似程式错误或程式病毒的东西，而至今《调律者》们都是利用名为《意志》的力量在对抗那些灾祸。

而身为世界上最糟糕的犯罪者，同时也是《怪盗》的亚伯·A（亚森）·荀白克则是利用名为《暗号》的能力取代《意志》，企图从《系统》中偷出扮演中枢角色的虚空历录，成为这个世界新一代的管理者。但就在那时，君冢发挥《特异点》的力量暂时封印亚伯，更与夏露合作破坏了《系统》的一部分。然而亚伯却在离开前表示这个世界还另外隐藏有更加重大的秘密，并暗示自己未来将再度现身于君冢一行人面前。

找回了过去这些记忆之后，君冢将不知为何变得下落不明的夏露交给夏凪去寻找。自己则是为了与亚伯做出一个了结，并探究世界变得异常的真正原因，与希耶丝塔踏上最后的旅程，前往虚空历录依然沉睡于其中的管制塔──